Augdama vandens lelija augina stambų šakniastiebį, ant kurio susiformuoja gumbas ir pradeda dygti nauji smulkūs lapeliais – pradeda augti nauja šaka. Toks nedidelis, kartais poros centimetrų daigas, pradžioje dar neturintis savo atskirų šaknų, jau gali būti atskiriamas. Žinoma, jis augs lėčiau, nei būtų augęs ant motininės jį maitinančios šaknies. Tokie anksti atskirti daigai pirmais metais turi nedidelius lapus ir retai kada žiedą. Jų negalima sodinti giliai, pirmą vasarą jiems užtenka 1-2 litrų vazono ir 10-20 cm gylio. Kitais metais jau bus galima nuleisti indą arba persodinti giliau. Žinoma skirtingos veislės auga skirtingai intensyviai. Priklausomai nuo veislės ir sąlygų, pirmais metais lelija tikriausiai dar nežydės, lapai bus smulkesni nei priklauso veislei suaugus. Paprastai parduodami jau įsišakniję, sustiprėję ir persodinimui tinkami sodinukai.
